磁控管是微波应用设备的心脏，因此，磁控管的正确使用是维护微波设备正常运行的必要条件。磁控管在使用时应注意以下几个问题:
一、负载要匹配。
无论什么设备都要求磁控管的输出负载尽可能做到匹配，也就是它的电压驻波比应尽可能的小。驻波大不仅反射功率大，使被处理物料实际得到的功率减少，而且会引起磁控管跳模和阴极过热，严重时会损坏管子。
二、冷却。
冷却是保证磁控管正常工作的条件之一，大功率磁控管的阳极常用水冷，其阴极灯丝引出部分及输出陶瓷窗同时进行强迫风冷，有些电磁铁也用风冷或水冷。冷却不良将使管子过热而不能正常，严重时将烧坏管子。应严禁在冷却不足的条件下工作。
合理调整阴极加热功率。
磁控管起振后，由于不利电子回轰阴极，使阴极温度升高而处于过热状态，阴极过热将使材料蒸发加剧，寿命缩短，严重时将烧坏阴极。防止阴极过热的办法是按规定调整降低阴极加热功率。
四、安装调试。
目前常用的微波加热设备中磁控管放在激励腔上直接激励传输系统。激励腔即是能量激励装置，又是传输系统的一部分。因此激励腔的性能对磁控管的影响极大。激励腔应能将管内产生的微波能量有效的传输给负载。为达此目的，除激励腔本身的设计外，管子在激励腔上的装配情况对的稳定性影响极大。正常时管子的阳极与激励腔接触部分有很大的高频电流通过，二者之间必须有良好的接触，接触不良将引起高频打火。天线插入激励腔的深度直接影响能量的传输和管子的状态，应按说明书规定精心装配。